В институте проводятся уникальные операции, в том числе — высокотехнологичные. Многие методики медицинской помощи впервые в России были применены именно здесь.
В НИИ им. Склифосовского делают нейрохирургические операции методом стереотаксической радиохирургии на аппарате «гамма-нож» для лечения опухолей головного мозга.
В 2014 году на базе больницы был создан региональный сосудистый центр. Запущены кластеры — нейрохирургический и отделений трансплантации. В этом году в НИИ заработал флагманский центр — он стал первым этапом обновления клиники.
«Сегодня мы приступаем ко второму — главному — этапу развития института. В ближайшие годы на месте устаревших советских корпусов построим современный медицинский комплекс площадью порядка 120 000 кв. м — целый медицинский город. Институт станет почти в 1,5 раза больше, — сказал Сергей Собянин. — Объединим в нём лучшие технологии оказания медицинской помощи, новейшее оборудование, продуманную логистику и современные стандарты работы. Всё это даст городу медицинскую помощь мирового уровня, а уникальной команде “Склифа” — максимально благоприятные условия для работы».