Микробиом мочи: норма и патология

Резюме

История изучения микробиома мочи насчитывает приблизительно 150 лет, и ранее считалось, что мочевая система здорового человека должна быть абсолютно стерильна. Лишь в последние несколько десятилетий мнение научного сообщества по этому вопросу радикально изменилось. Прогресс в области микробиологических исследований позволил применить расширенные культуральные и новейшие молекулярно-генетические методы для обнаружения и идентификации микроорганизмов, населяющих мочевые пути. Наконец, так прочно устоявшаяся догма о стерильности мочи здорового человека была разрушена. В моче были обнаружены не только бактерии, но также вирусы и грибы. Появилось понятие «уробиом». В настоящее время нет единого представления о том, какой состав микробиоты мочи следует считать нормальным, однако уже накоплены данные, позволяющие сделать вывод о том, что его изменения влияют на развитие различных урологических заболеваний не только в отрицательном, но и в положительном ключе, хотя многие патогенетические механизмы этих влияний еще не изучены. При этом состав уробиома может влиять на развитие не только воспалительных заболеваний, таких как инфекция мочевых путей, но и невоспалительных – доброкачественной гиперплазии предстательной железы, интерстициального цистита / синдрома болезненного мочевого пузыря, мочекаменной болезни, гиперактивного мочевого пузыря и недержания мочи, а также рака мочевого пузыря. В данной статье изложены методы и проблемы исследования микробиома мочи, представлена характеристика уробиома у здоровых людей и людей с некоторыми урологическими заболеваниями.

Для цитирования: Захарова ИН, Османов ИМ, Бекмурзаева ГБ, Анисимова ПД, Чурилова ВД. Микробиом мочи: норма и патология. Медицинский Совет. 2026;(1):150-158. https://doi.org/10.21518/ms2026-006

Конфликт интересов: авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов

Введение

В организме человека обитает большое количество разнообразных микроорганизмов, находящихся в симбиотических отношениях друг с другом и с организмом хозяина. Они объединены в собирательное понятие «микробиота». Совокупность всех геномов микробиоты человека обозначают термином «микробиом». Этот термин был предложен в 2001 г. американским ученым J. Lederberg. Под ним понимают экосистему, в которой живут микроорганизмы, с которой они взаимодействуют и ресурсами которой пользуются [1]. Микробиота каждого человека уникальна и играет ключевую роль в поддержании гомеостаза макроорганизма.

Состав микробиоты человека достаточно специфичен и индивидуален. В то же время могут отмечаться некоторые изменения микробиоты по мере старения организма, а также в ответ на различные экзо- и эндогенные воздействия. Выделяют микробиоту отдельных органов и систем: кишечника, кожи, влагалища, желчных, мочевых путей и др. Предполагают, что микробиота человека содержит суммарно 10¹³–10¹⁴ клеток, включает в себя > 40 000 бактериальных штаммов, которые относятся к 1 800 родам и содержат до 10 млн уникальных генов [2].

Мочевые пути человека, ранее считавшиеся стерильными, стали новым рубежом микробной экологии. Микробиологические эксперименты с человеческой мочой начались еще в конце 1800-х гг. (рис. 1). J. Lister, один из основоположников принципов антисептики в хирургии, использовал мочу в качестве среды для демонстрации гипотезы, что микроорганизмы из воздуха могут загрязнять «стерильную» мочу. Фактически J. Lister кипятил мочу перед экспериментами, вероятно, убивая любые местные бактерии в моче до начала этих экспериментов [3]. В 1881 г. 4. W. Roberts, современник J. Lister, опубликовал статью «О наличии микроорганизмов в свежей моче», сделав вывод, что свежая моча здорового человека свободна от бактерий. Его исследование заключалось в проведении систематических экспериментов, позволявших задокументировать разложение и ощелачивание мочи – те процессы, которые, как теперь известно, опосредуются жизнедеятельностью микроорганизмов. Наблюдая мутность мочи и выявляя микроорганизмы с помощью микроскопии, Робертс пришел к выводу, что моча здорового человека стерильна, а наблюдаемые микроорганизмы возникли в результате контаминации, источником которой он считал кожу, гениталии либо воздух [4]. Поскольку выводы о росте микроорганизмов делали лишь на основании помутнения мочи, чувствительности методов для обнаружения медленно растущих или требовательных к условиям микробов не хватало, и на время исследования прекратились [5].

Рисунок 1. Хронология открытия уробиома (адаптировано из [5])

В 1950-х гг. E.H. Kass провел исследование, в ходе которого было установлено, что моча 95% пациентов с симптомами инфекции мочевыводящих путей (ИМП) содержала > 10⁵ колониеобразующих единиц (КОЕ) на миллилитр. Касс обозначил такую бактериурию как «разделительную линию» между контаминацией и истинной бактериурией. Частично основываясь на этом представлении, он разработал методику стандартного посева мочи (СПМ) как золотого стандарта диагностики ИМП. СПМ широко используется и по сей день [5, 6].

Начиная с 1967 г. R.M. Maskell проводила исследования, экспериментируя с результатами исследования биоптатов мочевого пузыря и образцов мочи, в которых при проведении СПМ рост бактерий не определялся. R.M. Maskell исследовала образцы мочи путем их инкубации в условиях высокого содержания углекислого газа, что позволило выделить медленно растущие грамположительные микроорганизмы. Был сделан вывод, что образцы средней порции мочи действительно содержат бактерии, но их невозможно культивировать стандартными лабораторными методами [7]. Однако ее результаты не получили широкого признания. Фактически присутствие в образцах мочи культивируемых бактерий, не являющихся возбудителями ИМП, вновь объяснялось контаминацией с поверхности кожи или гениталий [5].

В начале 2010-х гг. применение методов секвенирования следующего поколения и передовых методов культивирования окончательно опровергло догму о стерильности мочи. Одновременный отбор проб мочи вместе с пробами с кожи или из уретры продемонстрировал, что бактериальные сообщества в этих локусах различаются между собой. Хотя секвенирование ампликона 16S рРНК уже применялось для идентификации бактериальных колоний, его использование для анализа образцов мочи еще не было изучено. В связи с этим обнаружение микробов в мочевых путях осуществлялось путем использования комбинации секвенирования гена 16S рРНК и усиленного количественного посева мочи (УКПМ), который включает посев большего объема мочи, чем СПМ (100 мкл против 1 мкл) на более питательную среду и более длительное инкубирование культур как в аэробных, так и в анаэробных условиях, что позволило культивировать более требовательные к среде бактерии. Многие образцы мочи, рост в которых не выявляется при СПМ, демонстрируют рост при проведении УКПМ. За годы, прошедшие с момента начала широкомасштабного изучения микробиома мочевых путей, десятки исследований объединили культуральные и молекулярно-генетические методы для изучения микробного состава образцов мочи. В результате появился термин «уробиом», обозначающий микробиоту мочевыводящих путей [5].

Методы исследования уробиома

Первым стандартизированным методом исследования уробиома явился СПМ. Протокол СПМ включает посев небольших объемов мочи (например, 1 мкл) на 5% агар из овечьей крови и агар МакКонки, инкубацию в атмосферных условиях при 37 °C в течение 24 ч и оценку роста медицинским техническим персоналом. Условия, созданные для проведения посева, достаточны для роста типичных возбудителей ИМП, таких как Escherichia, Klebsiella и Proteus, но не позволяют идентифицировать более требовательные микроорганизмы или строгие анаэробы. В результате многие микробные обитатели мочевого пузыря остаются нераспознанными (рис.2) [6, 8].

Рисунок 2. Культуральные методы идентификации микроорганизмов в образцах мочи (адаптировано из [8])

Протокол УКПМ был разработан в 2016 г. в Чикагском университете Лойола. Он включает посев в 100 раз большего количества мочи по сравнению с СПМ на различные типы сред – 6-бензиламинопурин, шоколадный агар, колистин-налидиксовая кислота, 5% вязко-агарная среда – с инкубацией в различных условиях и температурах: 5% CO₂ при 35 °C в течение 48 ч, аэробные условия при 35 °C и 30 °C в течение 48 ч, газовая смесь Campy (5% O₂, 10% CO₂, 85% N₂) или анаэробные условия при 35 °C в течение 48 ч. Уровень обнаружения для УКПМ составляет 10 КОЕ/мл, что соответствует одной колонии роста на любой из чашек. УКПМ предназначен для выделения широкого спектра грамотрицательных и грамположительных бактерий, включая анаэробы и медленно растущие, требовательные к питательной среде бактерии [6, 8, 9].

В том же 2016 г. было проведено исследование, в котором уробиом женщин с ИМП и без нее определялся путем проведения СПМ и УКПМ. Сравнение результатов обоих методов показало, что усиленный протокол позволил обнаружить в общей сложности 182 вида бактерий во всех образцах мочи: 110 видов в образцах мочи когорты пациентов с ИМП и 72 вида в образцах мочи когорты пациентов без ИМП, а стандартный протокол обнаружил лишь 33% (60/182) всех выявленных видов бактерий, 50% (55/110) видов в когорте пациентов с ИМП и всего 7% (5/72) видов в когорте пациентов без ИМП [9].

К наиболее новым и высокотехнологичным методам исследования уробиома относится секвенирование гена 16S рибосомной РНК (рРНК) прокариотических микроорганизмов, который присутствует во всех бактериях, отсутствует у млекопитающих и содержит девять гипервариабельных областей (V1–V9).

В 2012 г. A.J. Wolfe etal. с помощью метода секвенирования гена 16S рРНК выявили микрофлору в моче здоровых женщин и тем самым покончили с ложным мифом о «стерильности» мочи. В дальнейшем секвенирование получило широкое распространение как в научных исследованиях, так в клинической практике.

Выделяют два типа секвенирования: полного генома (Whole Genome Sequencing) и метагеномное. Секвенирование полного генома используют для определения генома конкретной бактерии, а метагеномное секвенирование проводят на смешанных популяциях микроорганизмов. Цель последнего заключается в идентификации микроорганизмов, присутствующих в конкретном образце исследования. В зависимости от последовательности и выбора баз данных идентификация может быть выполнена до видового уровня, но обычно она приводит к сочетанию видов, родов и типов микроорганизма. Для описания результатов такой идентификации часто используют общий термин «операционная таксономическая единица», объединяющий расшифрованные последовательности гена 16S рРНК с 97% идентичностью. Этого обычно достаточно для понимания видовой принадлежности микробов. Этот процесс носит название «метатаксоника».

К недостаткам метода относится невозможность выявления вирусов и грибов, которые, несомненно, населяют мочевые пути, но не имеют гена 16S рРНК. Кроме того, методика не стандартизирована, что на данный момент ограничивает ее широкое применение в клинической практике [10].

Проблемы изучения уробиома

Основная проблема изучения уробиома – его относительно низкая микробная биомасса. Уробиом представлен менее 10^4–5 КОЕ/мл мочи, тогда как в кишечнике содержится 10^11–12 КОЕ/мл кала [11]. Низкая биомасса увеличивает погрешность, если образец подвергся контаминации из окружающей среды. Кроме того, она усложняет процесс изоляции ДНК при проведении секвенирования, что требует применения дополнительных методов изоляции ДНК малочисленных видов для получения информативного результата [12]. Некоторые протоколы изоляции ДНК могут непреднамеренно не извлекать ДНК из микроорганизмов, которые присутствуют в низкой численности [13].

Еще одной проблемой, отчасти вытекающей из вышесказанного, является отсутствие общепринятой методологии отбора проб, обработки или анализа данных об уробиоме. Изменчивость протоколов изоляции ДНК, амплификация различных областей 16S рРНК и разночтения в интерпретации результатов секвенирования в различных исследованиях затрудняют сравнение и воспроизведение результатов [14]. Кроме того, в исследованиях уробиома отсутствует контроль выборки, что может ввести в заблуждение: контаминирующий микроорганизм может быть ошибочно принят за член уробиома [15].

Перед началом исследования образца мочи необходимо осуществить его сбор. Есть несколько методов сбора образцов мочи, каждый из которых связан с определенными трудностями (рис.3).

Рисунок 3. Методы сбора мочи (адаптировано из [8])

Сбор струи мочи является наименее инвазивным и самым простым методом. В то же время он сопряжен с наиболее высоким риском контаминации, источником которой являются уретра и гениталии, что может ввести исследователя в заблуждение при оценке микробиома мочевого пузыря [8]. У женщин основным источником загрязнения во время сбора образцов средней порции мочи является область вульвы. Риск загрязнения образцов средней порции мочи у мужчин ниже, но также существует вероятность попадания микробов из уретры [16]. Если микробы, обитающие на коже или гениталиях, находятся достаточно близко к уретре, чтобы попасть в выделяемую мочу, они, вероятно, также могут перемещаться в мочевые пути и вносить вклад в их микробиом [5].

Риск контаминации образца мочи при заборе пробы как из временного, так и из постоянного катетера ниже по сравнению со средней порцией мочи. Однако метод является более инвазивным и все же не исключает загрязнения образца бактериями из уретры, т. к. они могут попасть в мочевой пузырь непосредственно в процессе установки катетера [8].

Надлобковая аспирация позволяет получить пробу мочи непосредственно из полости мочевого пузыря, избегая контакта с другими областями. Таким образом, данные о составе микробиома мочевого пузыря, полученные с использованием этого метода, являются более точными, чем данные, полученные с помощью других методов. Однако метод является инвазивным, болезненным и сложным [8].

Сравнение микробных сообществ в моче, полученных с помощью надлобковой аспирации или с помощью катетера, показало сходные результаты независимо от метода получения пробы мочи [8]. В свою очередь, моча, полученная путем катетеризации или надлобковой аспирации, имеет меньшую микробную биомассу, меньшее альфа-разнообразие и иной состав микробного сообщества по сравнению с мочой, собранной естественным путем [17].

Еще одной проблемой является невозможность классификации выявленных микроорганизмов, т. к. существующие таксономические базы данных основаны главным образом на исследованиях микробиома кишечника [5]. Несмотря на их постоянное обновление, полноценной базы данных, которая позволила бы идентифицировать все микроорганизмы, населяющие мочевые пути, на данный момент еще не создано [18]. Это ограничение затрудняет полную характеристику микробных сообществ мочевых путей, поскольку некоторые менее изученные или новые виды не включены в существующие базы данных.

Здоровый уробиом

В ряде исследований изучались мужские и женские мочевые микробиомы у здоровых людей без сопутствующих урологических заболеваний. Однако следует отметить, что большинство «здоровых» участников этих исследований представлены контрольными субъектами при изучении микробиоты пациентов с различными урологическими заболеваниями.

Таким образом, исследования, посвященные «здоровому» уробиому, немногочисленны. Некоторые из них начали прояснять развитие уробиома с детства, показывая, что бактерии присутствуют в мочевых путях уже в младенчестве.

Исследование, проведенное L.Kinneman etal. в 2020 г. с участием детей до 2 лет, показало, что в уробиоме детей этого возраста чаще всего выявляются Prevotella, Peptoniphilus, Escherichia, Veillonella и Finegoldia [19]. Согласно данным исследования D.W. Storm et al., уробиом меняется с возрастом и различается в зависимости от половой принадлежности. Авторы связывают изменения в микробиоте мочи с развитием навыков туалета у детей младшего возраста и с половым созреванием у детей старшего возраста. У мальчиков наиболее распространенными родами были Prevotella, Staphylococcus,Corynebacterium, Streptococcus и Winkia. Их уробиом отличается более стабильным составом по мере взросления. В уробиоме девочек возрастные особенности проявляются наиболее ярко: для девочек раннего возраста характерна высокая распространенность Bifidobacterium и Veillonella, а к пубертатному возрасту самыми распространенными видами становятся различные штаммы Lactobacillus, а также Bifidobacterium, Veillonella, Prevotella, Winkia и Schaalia [20].

Различия в уробиоме, связанные с полом и возрастом, сохраняются и у взрослых. Отмечено, что мужской уробиом охарактеризован более высоким альфа-разнообразием по сравнению с женским, но к возрасту 60 лет наблюдается тенденция к его снижению [21].

Микробиом мочи взрослых женщин характеризуется более низким альфа-разнообразием, что, предположительно, связано с высокой распространенностью Lactobacillus [5], поскольку Lactobacillus и Gardnerella наиболее распространены в уробиоме женщин [21–24]. Численность Lactobacillus увеличивается в женском мочевом микробиоме в период полового созревания, а затем уменьшается после менопаузы [21, 25].

В свою очередь, мужской уробиом характеризуется высоким содержанием видов Corynebacterium, Propionibacterium и Staphylococcus [21, 26, 27].

Другими часто обнаруживаемыми родами у взрослых здоровых людей являются Aerococcus, Atopobium, Actinotignum, Bacteroides, Bifidobacterium, Peptoniphilus, Prevotella, Streptococcus, Ureaplasma, Varibaculum и Veillonella [5, 8].

Важно также отметить, что многие уропатогенные бактерии, ответственные за развитие ИМП, такие как Escherichia, Pseudomonas, Klebsiella, Proteus, Staphylococcus и Enterococcus, часто обнаруживаются при секвенировании образцов мочи у пациентов без ИМП [21]. Предположительно, патогенные микроорганизмы могут присутствовать в моче в концентрациях, не выявляемых при проведении СПМ. Это наблюдение подчеркивает сложность выявления микроорганизмов, населяющих мочевые пути, а также подвергает сомнению строгое разделение бактерий на патогенные и непатогенные.

Зачастую в исследованиях описываются «уротипы», подразумевающие совокупную характеристику состава уробиома. Они определяются на основе микроорганизмов, доминирующих в исследуемом образце [5]. Например, уротипы включают сообщества, в которых доминируют Lactobacillus, Gardnerella, Escherichia, Prevotella, Streptococcus, Staphylococcus, Acinetobacter и смешанный тип микробного сообщества [11, 21, 23, 28–30]. Уротип Lactobacillus, по-видимому, является наиболее распространенным среди женщин в пременопаузе, тогда как уротип Escherichia или Enterococcus чаще встречается среди лиц старшего возраста [25, 28]. Описание уротипов становится все более распространенным в исследованиях уробиома. Тем не менее точно неизвестно, какие факторы могут оказывать влияние на уротипы, а также какой уротип можно считать «нормальным» или «здоровым».

Исследования показывают, что мочевой тракт населен не только бактериями, но и вирусами. Количество вирусных частиц в моче достигает 10⁷ на 1 мл вне зависимости от наличия или отсутствия симптомов ИМП [31]. По результатам секвенирования в мочевых путях были обнаружены герпесвирусы, полиомавирусы и папилломавирусы, а также анелловирусы, которые образуют виром (т. е. вирусный микробиом) мочи [31–33]. Большое внимание уделяется полиомавирусу 2-го типа, ведь его активная репликация в моче была связана с более низкими показателями нефропатии [33]. Считается, что бактериофаги являются наиболее распространенными представителями человеческого вирома. По данным исследования, проведенного в 2018 г., бактериофаги, инфицирующие E. coli, присутствовали в 46,1% проанализированных образцов мочи [34]. Нельзя исключать, что наличие бактериофагов в моче может служить естественным защитным фактором в отношении развития ИМП.

Кроме бактерий и вирусов, в моче здоровых людей обнаруживаются одноклеточные грибы. Впервые жизнеспособные грибы были выявлены в 1850-х гг. в моче пациентов с сахарным диабетом без ИМП [35]. В 2010 г. грибковому микробиому был присвоен термин «микобиом» [36]. К наиболее часто выявляемым видам относят грибы, принадлежащие к классу Saccharomycetes, который включает Saccharomyces и Candida spp., однако по данным исследования, A.L. Ackerman и D.M. Underhill, проведенного в здоровой популяции, у каждого участника состав микобиома мочи был абсолютно индивидуален, и выявить один преобладающий таксон не удалось [37].

Уробиом: ассоциация с урологическими заболеваними

ИМП – одна из наиболее распространенных бактериальных инфекций, поражающая в основном женщин, причем до 60% женщин переносят по крайней мере один эпизод в своей жизни [38].

По данным исследования, проведенного в 2025 г. L. Robino et al., отмечено, что альфа-разнообразие у лиц с ИМП значимо повышено по сравнению с лицами без симптомов [39], что не согласуется с результатами предыдущих исследований, продемонстрировавших снижение альфа-разнообразия у лиц с ИМП [19, 40]. При этом у женщин с ИМП выявлено преобладание в уробиоме E. coli, а уробиом мужчин с ИМП более гетерогенен и включает повышенное содержание Musicola spp., Pantoea spp. и Anaerostipes spp. [39]. В женской популяции число Lactobacillus обратно пропорционально риску ИМП [5]. Это обусловлено различными механизмами: лактобациллы вырабатывают молочную кислоту, снижая рН среды, продуцируют бактериоцины, которые напрямую подавляют других членов бактериального сообщества, а также модулируют местный иммунитет в мочевом пузыре, противодействуя колонизации патогенами за счет активации фактора транскрипции NF-κB и специфического рецептора TLR4, что способствует элиминации патогена [41].

Доброкачественная гиперплазия предстательной железы (ДГПЖ) – распространенное заболевание у мужчин пожилого возраста, характеризующееся доброкачественным увеличением предстательной железы [42]. Увеличение предстательной железы приводит к нарушению уродинамики и застою мочи, что увеличивает риск развития ИМП.

Изменения уробиома при ДГПЖ характеризуются повышенным альфа-разнообразием по сравнению с мужчинами без ДГПЖ [27, 43]. Относительное обилие определенных родов бактерий, таких как Haemophilus, Staphylococcus и Faecalibacterium, увеличено в образцах мочи пациентов с ДГПЖ по сравнению с субъектами контрольной группы, а обилие Haemophilus оказалось также связано с повышенным уровнем простат-специфического антигена [44].

Интерстициальный цистит / синдром болезненного мочевого пузыря (ИЦ/СБМП) является хроническим урологическим заболеванием, которое приводит к появлению выраженной тазовой боли, временно облегчающейся мочеиспусканием. Лишь у меньшинства пациентов удается идентифицировать воспаление мочевого пузыря, что не позволяет считать ИЦ/СБМП воспалительным заболеванием. Причина ИЦ/СБМП остается неопределенной и, вероятно, является многофакторной [45].

Уробиом пациентов с ИЦ/СБМП по сравнению со здоровыми людьми характеризуется сниженным альфа-разнообразием [46, 47]. Снижение альфа-разнообразия объясняется изменением численности различных бактериальных таксонов в разных научных работах. Например, некоторые исследования демонстрируют снижение количества Lactobacillus у пациентов с данной патологией [47, 48], в то время как другие исследования показывают обратное [46, 49]. Эти исследования различались по технике сбора образцов и методологиям таксономического определения, что ограничивает возможность сопоставления их результатов.

Распространенность уропатогенных бактерий (Escherichia, Klebsiella и др.) значимо не отличается при ИЦ/СБМП по сравнению со здоровыми людьми [50], что может быть подтверждением невоспалительного характера заболевания.

В отдельном исследовании было отмечено, что у женщин с обострением симптомов ИЦ/СБМП вероятность обнаружения грибков в образцах мочи была в 8 раз выше, чем у тех, у кого обострения не было. Распространенность грибов (Candida и Saccharomyces) у женщин с обострениями была на 15,7% выше [51].

Недержание мочи (НМ) – состояние, характеризующееся непроизвольным мочеиспусканием, тогда как гиперактивный мочевой пузырь (ГАМП) проявляется частыми позывами к мочеиспусканию и может быть связан с недержанием. Уробиом считается фактором, модифицирующим симптомы НМ и ГАМП [11, 52].

Результаты исследований, описывающих изменения уробиома при НМ и ГАМП, неоднозначны. T.K. Price et al. в 2016 г. сообщили о снижении уровня Lactobacillus у пациентов с НМ по сравнению со здоровыми людьми [28], а Y.M. Komesu et al. в 2018 г. сообщили об отсутствии изменения уровня Lactobacillus между теми же группами пациентов [53], однако средний возраст пациентов в исследовании T.K. Price et al. был ниже, а результаты исследования Y.M. Komesu et al. могут быть искажены менопаузальным статусом. M.U. Carnes et al. в 2024 г. оценили связь между тяжестью НМ и уротипами и выяснили, что уротип с преобладанием Lactobacillus был ассоциирован с более низкой тяжестью симптомов по сравнению с уротипами, в которых доминировали Tepidimonas и Acidovorax [54].

Влияние изменения уробиома на проявление симптомов ГАМП и НМ объясняется тем, что некоторые бактерии, например, E.coli и Gardnerella vaginalis, увеличивают внутриклеточное содержание ионов кальция в уротелии и миофибробластах, что может способствовать сокращению этих клеток, приводя к усилению симптоматики. Напротив, Lactobacillus spp. не вызывает увеличения внутриклеточной концентрации кальция и, соответственно, не усиливает сокращение клеток [52].

Мочекаменная болезнь (МКБ) – заболевание, сопровождающееся образованием твердых кристаллических конкрементов в мочевой системе, зачастую приводящее к возникновению эпизодов острой боли, называемых почечной коликой [55]. Патогенез МКБ представляет собой сложное взаимодействие генетических, метаболических, микробиологических и диетических факторов, которые приводят к дисбалансу метаболитов в моче. Связь между уробиомом и МКБ двоякая: с одной стороны, определенные типы бактерий могут способствовать образованию мочевых камней через продукты их метаболизма, с другой – камни могут служить каркасом для образования биопленки, предрасполагая пациента к развитию ИМП.

Оксалатно-кальциевые уролиты являются наиболее распространенным типом уролитов. По-видимому, защитным потенциалом в отношении развития МКБ обладает род Lactobacillus. Согласно данным многочисленных исследований, этот род обеднен в уробиоме пациентов с МКБ по сравнению с контрольной группой [56–58]. А вот содержание Corynebacterium, напротив, увеличено в моче у людей с оксалатно-кальциевыми камнями [59]. При исследовании микробиоты самого уролита зачастую выявляется обильная колонизация патогенными бактериями из семейства Enterobacteriaceae [56, 60]. Однако остается неясным, способствуют ли уропатогенные микроорганизмы формированию камней из оксалата кальция или оппортунистически инфицируют структуру камня [60].

Струвитные камни встречаются реже, однако их образование напрямую связано с деятельностью бактерий, продуцирующих уреазу и приводящих к развитию ИМП [61]. К таким бактериям относятся Proteus, Klebsiella, Pseudomonas и Corynebacterium. Продуцируя уреазу, эти бактерии ощелачивают мочу. Повышение рН приводит к осаждению фосфата и образованию струвитного камня [62].

Рак мочевого пузыря (РМП) также ассоциирован с определенными изменениями в уробиоме. В исследованиях отмечено повышенное содержание Acinetobacter, Anaerococcus, Fusobacterium и Campylobacter в моче пациентов с РМП [63]. Ассоциация хронической инфекции, вызванной Schistosoma haematobium, с РМП хорошо известна, но также считается, что коинфекции с бактериями, образующими N-нитрозамин (например, Pseudomonas, Proteus и Escherichia coli), действуют синергически в инициации РМП [64].

В отношении РМП также большое внимание уделяется Lactobacillus. Исследователями отмечено, что в моче пациентов с РМП содержание этого рода снижено [65, 66]. Интересно, что род Lactobacillus способен оказывать цитотоксическое действие на линии клеток РМП ex vivo [67].