Кёнке начал свою деятельность в компании Boehringer Ingelheim в 1997 г. в Восточноевропейском подразделении компании в Вене. С 2009 по 2019 г. Кёнке был генеральным директором и руководителем подразделения рецептурных препаратов в Польше. В дополнение к этому, в 2017-2018 гг. он также занимал должность генерального директора и руководителя подразделения рецептурных препаратов на Украине.
Во время своей работы в Польше Кёнке был вице-президентом, финансовым управляющим, председателем наблюдательного комитета и членом совета директоров INFARMA — ассоциации фармацевтических компаний «Фармацевтические инновации», а также вице-президентом правления немецко-польской торгово-промышленной палаты.
