Бюджет ФФОМС был рассчитан исходя из численности граждан, застрахованных по ОМС: по состоянию на 1 апреля 2016 года в систему ОМС входит 146,5 млн человек. В проекте прописано, что общий объем доходов бюджета Федерального фонда в 2017 году составит 1 692,0 млрд рублей, в 2018 году - 1 758,4 млрд, в 2019 – 1 817,3 млрд.
Реализацию базовой программы ОМС планируется обеспечить за счет субвенций. В 2017 году планируется дополнительно включить финансирование методов высокотехнологичной медицинской помощи. В целях поэтапного расширения перечня видов ВМП, оказываемых в рамках программы ОМС, в 2017 за счет субвенции будет осуществляться финансовое обеспечение дополнительно 4 методов высокотехнологичной ВМП.
Отдельно включено финансирование программы «Земский доктор». Так, с 2012 года единовременные компенсационные выплаты получили 20,3 тыс. медицинских работников.
