Сейчас доли в «НТфарме», согласно данным информационной системы СПАРК, распределены следующим образом: 49% – у АО «Роснано», 20,35% – у кипрской «Кавертон Прайвит Кэпитал Лимитед», 20,3% – у ООО «Пром-Би», владельцем которого является Рустам Атауллаханов, 10,35% – у кипрской «Сарсфилд Венчерз Лимитед». До решения о приобретении еще 6% долей, госкорпорация «Роснано» не могла в достаточной степени влиять на деятельность компании.
В ноябре 2016 года следственный комитет РФ возбудил уголовное дело в отношении учредителя и генерального директора ООО «НТфарма», а также мэра города Переславль-Залесский по обвинению в растрате вверенного им имущества в особо крупном размере. По данным следствия, «Роснано» инвестировало в «НТфарм» более 1 млрд рублей для строительства объекта по производству вакцин и терапевтических биопрепаратов. Следствие установило, что работы по реализации указанного проекта на протяжении многих лет не осуществляются, денежные средства, полученные ООО «НТфарма» от «Роснано», растрачены, и в результате завод до настоящего времени не построен.
